Мисија Медицинског факултета у Фочи је посвећена постизању највиших стандарда у образовању, истраживању и здравственој њези. Факултет треба да буде вођа у побољшању здравља људи кроз образовање вјештих и друштвено одговорних доктора медицине и стоматологије, дипломираних специјалних едукатора и рехабилитатора и дипломираних медицинара. Дугорочни циљеви се односе на очуваће и дисеминацију знања и култивацију критичких интелеката. Толеранција и разноликост су подржане, а глобална питања се истражују и охрабрују. Мисија факултета покрива и посебна подручја наставу, истраживања, медицинке услуге и улогу у друштву.
Образовање високостручних кадрова из области медицине, специјалиста за поједине области, помоћног медицинског особља, те кадрова за специјалну едукацију и рехабилитацију који би својим знањем помогли промоцији и ширењу здравствене културе, здравствене заштите као и модернизацију Републике Српске, Босне и Херцеговине и читавог региона, у оквиру научне области биомедицине.
Визија Факултета је савремена образовна институција у области биомедицине и здравства која је снажан, квалитетан, поуздан и компетентан партнер у школовању квалитетних кадрова, који су врхунски оспособљени да одговоре на све изазове модерне медицине и специјалне едукације и рехабилитације.