У складу са Болоњским процесом и важећим Законом о високом образовању студије трећег циклуса представљају стандардни начин за стицање научног назива доктора наука. У току студија трећег циклуса студенти стичу знања, вјештине и компетенције кроз учешће у настави, истраживању и самосталном реализацијом научних истраживања и квалификације за даљу истраживачу каријеру. Студије трећег циклуса су важне за развој академске каријере али и за одговоре на потребе тржишта рада, јер истраживање и иновације представљају основни покретач економског и друштвеног развоја.
Доктор наука представља највиши научни степен који се стиче на Универзитету у Источном Сарајеву. Одбраном докторске дисертације стиче се научни назив доктор наука у одговарајућој научној области. Промоција доктора наука је јавни свечани чин којим ректор Универзитета у Источном Сарајеву јавно проглашава кандидата који је одбранио докторску дисертацију за доктора наука у одређеној области.
Студије трећег циклуса изводе се након академског студија другог циклуса, односно интегрисаног студија, трају три године и вреднују се са најмање 180 ЕСТS бодова (свака година студија вреднује се са 60 ЕСТS бодова).
Информације о упису на трећи циклус студија објављују се путем конкурса за упис који Универзитет објављује за сваку академску годину на званичној интернет страници. Преглед студијских програма трећег циклуса доступан је на интернет страници Универзитета, као и на страницама појединачних факултета/академија/института.
Министарство за научно технолошки развој и високо образовање Републике Српске годишње обајвљује конкурсе за стипендије за студенте сва три циклуса, укључујући и трећи циклус. Поред тога, посебно значајан извор подршке је Фонд „Др Милан Јелић“, који расписује конкурсе за други и трећи циклус студија (услови, број и висина стипендија зависе од конкурса за конкретну академску годину). Примјера ради за академску 2025/26. годину стипендија за трећи циклус износи 10.000 КМ (распоређене по научним областима).
Министарство за научнотехнолошки развој и високо образовање Републике Српске расписује и конкурс за суфинансирање израде завршних радова студената трећег циклуса академских студија, тј. докторских дисертација. Поред тога, ресорно Министарство расписује и конкурс за суфинансирање научноистраживачких пројеката, који се могу користити за израду докторске дисертације. Детаљне информације о начинима пријаве, потребна документација, као и списак до сада одобрених националних научно-истраживачких пројеката по чланицама доступни су на интернет страници Универзитета.
Правила студирања на трећем циклусу студија, израда дисертације и услови за стицање звања доктора наука и друга питања од значаја уређени су Правилником о студирању на трећем циклусу студија (27.12.2019.), Правилником о измјенама Правилника о студирању на трећем циклусу студија на Универзитету у Источном Сарајеву (03.11.2021.), Правилником о допуни Правилника о студирању на трећем циклусу студија на Универзитету у Источном Сарајеву (04.11.2022.), Правилником о измјенама и допунама Правилника о студирању на трећем циклусу студија на Универзитету у Источном Сарајеву (21.09.2024.) и Правилником о измјенама и допунама Правилника о студирању на трећем циклусу студија на Универзитету у Источном Сарајеву (22.09.2025.).
Провјера оригиналности и коришћење софтвера за детекцију плагијаризма уређени су Правилником о коришћењу софтвера за детекцију плагијаризма на Универзитету у Источном Сарајеву. Провјера се примјењује као мјера очувања академског интегритета и поштовања правила цитирања и навођења извора, а поступак и надлежности (ко покреће провјеру, начин достављања извјештаја и даљи кораци) уређени су наведеним правилником.
Да, електронска верзија одбрањене докторске дисертације депонује се у Дигитални репозиторијум докторских дисертација Универзитета у Источном Сарајеву, у складу са Правилником о дигиталном репозиторијуму докторских дисертација одбрањених на Универзитету у Источном Сарајеву. Овај правилник дефинише начин депоновања, трајно чување дисертације и пратећу документацију (нпр. изјаве аутора и друге потребне прилоге).