Одлуком Народне скупштине Републике Српске, број: 02-1512/93. од 29.12.1993. године основан је Универзитет у Сарајеву Републике Српске, као сукцесор Универзитета у Сарајеву. Традицију Медицинског факултета од 1993. године у Републици Српској наставља Медицински факултет Универзитета у Сарајеву Републике Српске, касније Универзитета у Српском Сарајеву, данас Универзитета у Источном Сарајеву са сједиштем у Фочи.
Медицински факултет у Сарајеву је основан 1944. године, као прва високошколска установа у Босни и Херцеговини, а континуитет рада је успостављен 1946. године.
Народна скупштина Републике Српске 14.09.1992. године доноси одлуку, број: 02-1188/92, о издвајању високошколских установа из Универзитета у Сарајеву.
Министарство образовања, науке и технологије Републике Српске 15.10.1993. године доноси одлуку о наставку рада Медицинског факултета у Сарајеву Републике Српске, са сједиштем у Србињу/Фочи.
Одлуком Народне скупштине Републике Српске, број: 02-1512/93. од 29.12.1993. године основан је Универзитет у Сарајеву Републике Српске, као сукцесор Универзитета у Сарајеву. Традицију Медицинског факултета од 1993. године у Републици Српској наставља Медицински факултет Универзитета у Сарајеву Републике Српске, касније Универзитета у Српском Сарајеву, данас Универзитета у Источном Сарајеву са сједиштем у Фочи.
Медицински факултет са радом у Фочи је почео 15.10.1993. године. Тада су уписани први студенти и почела је прва школска 1993/1994. година са 60 уписаних студената.
Уз ове активности, усвојен је наставни план и програм, одабрани су први наставници и сарадници, као и први декан факултета, проф. др Бориша Старовић.
Усвојен је статут факултета и формирано је прво факултетско Научно наставно вијеће. Усвојен је први курикулум (општа медицина) и почело се са реализацијом наставног процеса.
Дозволом за рад број 07.023-3899/09 од 22.06.2009. године, издатом од стране Министарства просвјете и културе Републике Српске, на факултету се релизује први циклус студија на следећим студијским програмима:
- Студијски програм Медицина;
- Студијски програм Стоматологија;
- Студијски програм Специјалана едукација и рехабилитација;
- Студијски програм Здравствена њега;
Од академске 2013/14 релизује се други циклус студија на студијским програмима Специјална едукација и рехабилитација и Здравствена њега.
До почетка академске 2013/14 на Mедицинском факултету су дипломирала 602 студента.
Од шк. 2000/01. године организовали смо постдипломску наставу. Постдипломску наставу до сада је похађало 122 студента. Магистарску тезу на нашем факултету одбранилa су 43 кандидата и стекла научни степен магистра медицинских наука. Докторску дисертацију одбранило је 30 кандидата и стекло научни степен доктора медицинских или стоматолошких наука.
На Mедицинском факултету се организује и специјалистичка настава из области медицине и стоматологије. Стручни назив специјалисте на Медицинском факултету је стекaо 51 кандидат.